故事從主角秘密運送EVA四號機到了NERV本部開始，面對恐怖份子的攻擊、NERV內部暗藏的陰謀等，透過調查各個事件，逐漸解開原作中留下的種種謎團。《新世紀福音戰士：機密檔案》以動畫的17～24話與劇場版「Air真心為你」為基礎。 ...