但是GenevieveAristide的住所，正被ATC董事會雇傭的傭兵攻擊。被克隆殺手殺死之前SnakeFist告訴主角，要戰勝Alma，就需要StillIsland上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加強器，加強主角的精神力量，戰勝Alma。這時主角發現自己退出了幻境并被封在加強器內。極度恐慌2：起源計劃，《極度恐慌2：起源計劃》故事發生在一代大爆炸前30分鐘，一代主角在追捕PaxtonFettel過程找到的各類證據，都證明ATC總裁GenevieveAristide有罪。而主角和另一幸存隊友Keegan是最有希望成功的。這時Alma突然出現，GenevieveAristide將Alma和主角一起關在了加強器里。同時主角還得知所謂的”Harbinger“計劃就是制造類似一代中PaxtonFettel的精神力量指揮 ...