Cytoscape支持許多 規范的網絡和注解格式文件，包含：SIF(Simple Interaction Format)， GML，Cytospace(網絡分析軟件)， XGMML， BioPAX， PSI-MI， GraphML， KGML (KEGG XML)， SBML， OBO， 和 Gene Association。比如，假如你有一個由 igraph 或 Bioconductor 轉化成的網絡數據信息，Cytoscape 能夠 將該文件以文字表的方式載入，并以 PSI-MI 文件格式導出來，供別的生物信息學專用工具或你自己的程序運行/腳本制作應用。您還可以應用類似別的圖型程序運行操作界面的手動式合理布局專用工具。 比如，客戶能夠 依據基因的表達數據加載的p值，挑選參加互動的閥值總數的節點、共享資源特殊GO注 ...